Logiciels¶
Lorsque vous vous connectez à la plateforme CHP-IQ, votre environnement ne contient initialement qu’un petit nombre de logiciels. Vous pouvez en ajouter à partir du large éventail de logiciels disponibles. Pré-installés et optimisés pour le CHP, ces logiciels sont les mêmes qui sont disponibles sur les grappes de la plateforme nationale, ce qui vous assure que vos tâches peuvent être exécutées de manière reproductible sur toutes les grappes.
L’ajout de logiciels à votre environnement se fait principalement à l’aide de la
commande module. Si vous n’êtes pas familier avec son utilisation, lisez
d’abord comment utiliser des modules. À titre d’exemple,
vous pouvez lister les modules chargés avec module list, chercher des
modules avec module spider et les ajouter à votre environnement avec
module load. Par exemple :
[alice@ip09 ~]$ module list
Currently Loaded Modules:
1) CCconfig 6) ucx/1.14.1 11) flexiblas/3.3.1
2) gentoo/2023 (S) 7) libfabric/1.18.0 12) imkl/2023.2.0 (math)
3) gcccore/.12.3 (H) 8) pmix/4.2.4 13) StdEnv/2023 (S)
4) gcc/12.3 (t) 9) ucc/1.2.0 14) mii/1.1.2
5) hwloc/2.9.1 10) openmpi/4.1.5 (m) 15) slurm-completion/23.02.7
Où :
S: Module is Sticky, requires --force to unload or purge
m: MPI implementations / Implémentations MPI
math: Mathematical libraries / Bibliothèques mathématiques
t: Tools for development / Outils de développement
H: Hidden Module
[alice@ip09 ~]$ module spider gromacs
--------------------------------------------------------------------------------------
gromacs:
--------------------------------------------------------------------------------------
Description:
GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the
Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of
particles.
Versions:
gromacs/2016.6
gromacs/2020.4
gromacs/2020.6
gromacs/2021.2
gromacs/2021.4
gromacs/2021.6
gromacs/2022.2
gromacs/2022.3
gromacs/2023
gromacs/2023.2
gromacs/2023.3
gromacs/2023.5
gromacs/2024.1
gromacs/2024.4
Autres candidats possibles :
gromacs-colvars gromacs-cp2k gromacs-ls gromacs-plumed gromacs-ramd
gromacs-swaxs
--------------------------------------------------------------------------------------
Pour trouver d'autres correspondances à votre recherche, exécutez :
$ module -r spider '.*gromacs.*'
--------------------------------------------------------------------------------------
Pour de l'information détaillée à propos d'un module "gromacs" spécifique (incluant
comment charger ce module), utilisez le nom complet. Par exemple :
$ module spider gromacs/2024.4
--------------------------------------------------------------------------------------
[alice@ip09 ~]$ module spider gromacs/2024.4
--------------------------------------------------------------------------------------
gromacs: gromacs/2024.4
--------------------------------------------------------------------------------------
Description:
GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the
Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of
particles.
Propriétés:
Chemistry libraries/apps / Logiciels de chimie
Vous devrez charger tous les modules de l'un des lignes suivantes avant de pouvoir
charger le module "gromacs/2024.4".
StdEnv/2023 gcc/12.3 openmpi/4.1.5
StdEnv/2023 gcc/12.3 openmpi/4.1.5 cuda/12.2
Help:
Description
===========
GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the
Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of
particles.
More information
================
- Homepage: http://www.gromacs.org
[alice@ip09 ~]$ module load StdEnv/2023 gcc/12.3 openmpi/4.1.5
[alice@ip09 ~]$ module load gromacs/2024.4
[alice@ip09 ~]$ module list
Currently Loaded Modules:
1) CCconfig 10) hwloc/2.9.1
2) gentoo/2023 (S) 11) ucx/1.14.1
3) imkl/2023.2.0 (math) 12) libfabric/1.18.0
4) StdEnv/2023 (S) 13) pmix/4.2.4
5) mii/1.1.2 14) ucc/1.2.0
6) slurm-completion/23.02.7 15) openmpi/4.1.5 (m)
7) gcc/12.3 (t) 16) fftw/3.3.10 (math)
8) flexiblas/3.3.1 17) gromacs/2024.4 (chem)
9) gcccore/.12.3 (H)
Où :
S: Module is Sticky, requires --force to unload or purge
m: MPI implementations / Implémentations MPI
math: Mathematical libraries / Bibliothèques mathématiques
t: Tools for development / Outils de développement
chem: Chemistry libraries/apps / Logiciels de chimie
H: Hidden Module
Version de l’environnement logiciel¶
L’équipe de l’Alliance en charge des logiciels crée périodiquement de nouvelles
versions de l’environnement, par exemple StdEnv/2023 ou StdEnv/2020. Sur
la plateforme CHP-IQ, StdEnv/2023 est l’environnement initialement chargé
lorsque vous vous connectez. Les autres environnements sont disponibles et
peuvent être chargés. Par exemple :
[alice@ip09 ~]$ module load StdEnv/2020
Modules inactifs:
1) slurm-completion
Dû à un changement dans la variable MODULEPATH, les modules suivants ont été rechargés :
1) mii/1.1.2
Les modules suivants ont été rechargés avec un changement de version :
1) StdEnv/2023 => StdEnv/2020 5) libfabric/1.18.0 => libfabric/1.10.1
2) gcccore/.12.3 => gcccore/.9.3.0 6) openmpi/4.1.5 => openmpi/4.0.3
3) gentoo/2023 => gentoo/2020 7) ucx/1.14.1 => ucx/1.8.0
4) imkl/2023.2.0 => imkl/2020.1.217
Cible d’optimisation¶
Les logiciels de l’Alliance disponibles sur la plateforme CHP-IQ sont optimisés
pour l’utilisation de processeurs x86 qui supportent le jeu d’instructions AVX2.
Ces logiciels n’ont pas été compilés pour utiliser de jeux d’instructions plus
récents tels qu’AVX512. C’est le meilleur choix pour supporter à la fois les
processeurs Intel et AMD des nœuds de calcul tout en assurant une bonne
performance. Si vous compilez votre code avec GCC, l’option d’optimisation
correspondante est -march=core-avx2. Avec les compilateurs Intel, utilisez
-xCORE-AVX2.
Nous ne recommendons pas d’utiliser une architecture différente (e.g. module
load arch/avx512) ou de compiler votre code avec une option différente (e.g.
-march=native ou -xHost) car cela peut mener à des problèmes de
compatibilité.
Bibliothèques BLAS/LAPACK¶
Les logiciels de l’Alliance offrent plusieurs implémentations des bibliothèques BLAS et LAPACK pour l’algèbre linéaire. Intel MKL est utilisé par défaut sur la plateforme CHP-IQ et la plupart des grappes de l’Alliance.
Guides logiciels¶
Les pages suivantes portent sur l’utilisation de logiciels spécifiques. Certains sont également disponibles sur les grappes de la plateforme nationale, auquel cas l’accent est mis sur les particularités de leur utilisation avec la plateforme CHP-IQ.